> 奥行きをモデルで表現したいなと考えたらどのように表現する手段がありますでしょうか。

artisoc Cloudのマップ出力は二次元なので、本格的に三次元で表示する場合はCesiumで表示するとよいと思います。下記、レシピブックを参考にしてください。

11. Cesiumを用いて3Dモデルを作成しよう

なお、緯度・経度を持たない三次元データ場合はどうするかという問題がありますが、その場合はログデータをvtkファイルに変換して、ParaViewで可視化するとよいと思います。

> 例えば、モデルのプロパティ上の奥行きに合わせてモデルの大きさを変える等のことは可能でしょうか？

マップ出力設定＞マップ要素設定（エージェント）にて、
拡大率：変数指定

を定義することで、エージェントの拡大率に動的に変えて表示することができます。